변형균과 같은 일찍이 균계에 분류되어 있었지만, 현재는 균류 이외에 분류되어 있는 생물의 자실체를 버섯으로 취급되는 경우가 있다.
영양의 흡수 방법부터 동식물의 유해를 영양원으로 하는 부 생성 목재 노후 균, 노후 균과 식물의 살아있는 뿌리와 공생이 필요한 균 뿌리균, 곤충에 기생하는 동충하초균으로 분류된다.
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